ドラゴンクエスト11をプレイしていてまだまだ途中ですが、PS4版と3DS版を同時に進めているという特殊なプレイスタイルなので、それぞれの比較情報をご紹介してみます。
１．大きなネタバレはありません。概ね事前情報から予想できる範囲の事だけ書きます。
２．シナリオ中盤くらいまででの比較です。
◎ 明らかに良い
○ 良いが、考え方によっては逆の方が良いかも。
＜3DS版の良い点＞
◎キャンプで「おいのりして休む」があり、セーブと回復が一度の動作で出来ます。
（PS4にはそのコマンドがありません）
◎鍛冶で「武器→全部」という選択が出来るので、作れる武器の一覧表示が楽です。
（PS4では種類ごとに一つずつ見る必要があります）
◎フィールドでパーティーの4人が表示されます。冒険の雰囲気も出ますし、各キャラの装備でコスチュームが変わった時も楽しいですね。
（PS4は常に勇者しか表示されません）
◎戦闘で囲む、囲まれる、というケースがある。
（PS4にはないと思います）
◎コマンドメニューに「せんれき」があるので早く開ける。
（PS4は「さくせん」の中にしかないので1アクション多く掛かります）
◎移動時のロード時間が短い（町、洞窟、ルーラなど）
（PS4は必ずロード画面が挟まって待たされます）
◎ヨッチ族要素（ヨッチ村、時渡りの迷宮、すれ違い通信等）
（PS4にもマジスロ、ボウガンアドベンチャーがありますが、3DSのヨッチ族の方が物語の補完性もあり優秀だと思います）
○フィールドの見通しがよく、遠くからキラキラが見つけやすいです。
（PS4は立体的な自然が描かれているのであまり遠くのキラキラは見つけにくいですね。ただこれはどちらを好むかだと思います。）
○鉱石や木など、一度に3つ落ちてくる素材を一回で拾える。
（PS4は3つ落ちたら、3回拾う動作が必要です。3DSが簡略化されているとも言えます。）
○戦闘がサクサク進み、レベリングしやすい
（PS4はしっかり演出が入ったり、動きに拘っているので時間が掛かります）
3DS版の良い点 ◎７つ ○３つ
＜PS4版の良い点＞
◎鍛冶で、素材が既に揃っていて作れる装備か、素材不足かが一覧で分かる。
（3DSは装備を一つずつ選んで、素材が足りているか確認が必要）
◎ジャンプで超えられる場所が多い。段差を降りたり、柵を超えられる場所も。
（3DSはジャンプの意味が全くなく、僅かな段差も降りられなくてイライラする）
◎小さな建物もフィールドに実際に建っているので、画面遷移なしで関与できる。
（3DSは必ず画面遷移が挟まって入る行程が必要。その為、家の壁にぶつかっても入れてしまう）
◎乗り物になる敵は光っているので分かりやすい。
（3DSは見た目で区別がつかない）
◎町でお店に入る時に画面遷移が入らずシームレスに出入りできる。
（3DSはいちいち画面が切り替わるので面倒）
◎戦闘中の状態変化がアイコンで表示され、敵も味方もすぐに状況が分かる。敵の体力も減ってくるとオレンジ、赤に変化する。
（3DSは下画面で一人ずつ切り替えないと確認できない為、非常に煩雑）
◎地図表示が、左下のミニマップと、ワンボタンでの全体表示切替。全体表示はエリア全体が確認でき、ズームも出来て使いやすい。
（3DSは常に下画面に中くらいのマップが表示されているが、全体を見るのにスクロールが必要で見づらい）
◎海図に目的地まで正確に表示されている。
（3DSの海図はほとんど役立たない）
◎建物内の地図も豊富に用意されている
（3DSでは地図のない建物やエリアが存在する？？）
◎複数階層の建物や洞窟では切り替えて別階層を確認できる。
（3DSでは階層切り替えは出来ない？？）
◎つよさ画面で、未取得スキル（？含む）も確認可能。
（3DSは取得済スキルしか表示されない。ただこれは3DSの仕様が本来正しいかも？）
◎なかまコマンドがあって、自由に指定したなかまのメッセージが聞ける
（3DSは選んで聞くことが出来ない？）
◎コマンド（△）→□で「ほぼまんたん」になる。
（3DSはさくせんメニューまでいかないと使えないので面倒）
◎メンバー入替で、サブメンバーの順番も決めておける（スタメン全滅時の控え登場時並び）
（3DSはスタメンしか並び替えられない）
◎操作について全ての選択、移動がスティックのみで行える
（3DSはなぜか、十字キーしか効かない操作がある）
◎ルーラで天井にぶつからない
（3DSは天井のある場所ではルーラでぶつかる。この仕様に愛着のある人もいるかも）
◎ルーラの移動先に「キャンプ」が選べる。目的地の最寄まで飛べるし、回復・セーブ・鍛冶もいつでもすぐ出来る。
（3DSはキャンプへ移動できないので、PS4に慣れていると不便で仕方ない）
○キャンプで女神像（セーブ）、焚火（その他）それぞれに声を掛けられる
（3DSは一度キャンプに入る行程が必要）
○キャンプの「やすむ」で、朝、昼、夕方、夜が選べる。
（3DSは朝と夜だけ）
以下はグラフィック要素
◎キャラクターの表情が豊かでドラマに深みがある。
（3DSは喜怒哀楽が単純なので子供っぽい演出になりがち）
◎生地の質感まで再現されたディテールに拘った装備。見た目の変わる装備への興味が湧きやすい。
（3DSは見た目は変わるもののドットが粗くてあまり楽しめない）
◎視界を自由に変えられる
（3DSはカメラが固定で非常に動かしづらく、また景色も楽しめない）
◎フィールドがとにかく広く、リアリティのある自然が描かれている。
（3DSは画質が悪いだけでなく、明らかに割愛されていたり、狭くなっていて冒険している感が圧倒的に低い）
◎街も広く、建物や通路も多く立体的
（3DSは街も簡略化されていて平面的、建物も少なく寂しい）
PS4版の良い点 ◎ 17個 ○ 2個 グラフィック要素◎ 5個
グラフィック関連はPS4が良いのは当たり前なので一応分けていますが、それでもPS4の方が快適な要素が多いですね。グラフィックも重要な演出、作品作りなので3DSはそのハンデ分を他の要素で補うべきですが、そこもPS4と比べると勝ててはいません。
＜どちらとも言えない要素＞
顔つき
PS4 勇者やカミュが穏やかな表情
3DS 目つきが鋭く性格がキツイ印象
表情の違いは3DSの方が単純化されている為かもしれませんが、これは好みだと思います。
乗れる敵のアクション
PS4 たまごロボは自分でジャンプして操作。ハチもかなり速い移動が出来る。
3DS たまごロボは指定パネルの上で自動移動。ハチは竜巻で上空に上がれる。
他も結構アクション内容が異なるので、これはどちらが優れているとは言えない要素です。
調べられるもの
PS4 つぼ、たる、クローゼット、本棚
3DS つぼ、たる、クローゼット、本棚、タンス
恐らくPS4にタンスを引き出す動作はなかった気が・・・
井戸
PS4 蓋がされていて入れない井戸も多い
3DS 基本的に全ての井戸に入れる
蓋のされた井戸は開発の名残のようですね
馬
PS4 町の前に大体設置されている鐘を鳴らすと乗れる。
3DS フィールドにいる馬に話しかけて乗る
利便性はどっちもどっちかな
天気予報
PS4 牛に話しかけると天気が分かる
3DS てんきよほうという特技を習得する
独自仕様
PS4 マジスロ、ボウガンアドベンチャー、フリー戦闘モード（動き回れる）
3DS すれ違い通信、時わたりの迷宮、2Dモード
3DSの良い点に記載したとおり、時渡りの迷宮が群を抜いて価値が高いと思います。
戦闘時のコマンド指定タイミング
PS4 キャラごとに順番が回ってきた時に選択
3DS ターンの初めに4人とも選択
昔ながらの方式は3DSで、回復の空打ちなどが発生する。ストレスにならないのはPS4で戦術性も高いですが、これも好みが分かれるかもしれません。私はPS4式が好みです。
戦闘時のコマンド指定は、かなり大きな要素の違いですよね。戦闘の難易度に影響すると思います。またAIの賢さは何となくPS4の方が賢い気がします。3DSは戦闘の状況から見て無駄な動きが多い気がします（まもなく敵を倒せて自分のHPも十分なのに、ガード系の特技を使ったり）
もしかすると間違いもあるかもしれませんし、まだ途中なので他にも色々あるでしょうが、一旦途中までで気づいた機種比較でした。間違いを見つけたらすぐ修正します！
どちらのプレイをお勧めするかですが、物語の深み、演出、世界の造形などを考えれば明らかにPS4が本物のロトゼタシア冒険譚だと言えるでしょう。ただ、3DSには「時わたりの迷宮」というPS4では知る事の出来ない補完シナリオがあります。どちらか1本プレイするならPS4版をお勧めしますが、理想はPS4→3DSという順で両方プレイする事じゃないでしょうか。私もまさにその順番で体験できるよう並行プレイしています。
